- Lãnh đạo Sở:

+ Sở Giao thông vận tải có Giám đốc và không quá 03 Phó Giám đốc; 

+ Giám đốc Sở là người đứng đầu Sở, chịu trách nhiệm trước Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Sở; chịu trách nhiệm báo cáo công tác trước Hội đồng nhân dân cấp tỉnh, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh và Bộ Giao thông vận tải theo quy định;

+ Phó Giám đốc Sở là người giúp Giám đốc Sở, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở và trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công; khi Giám đốc Sở vắng mặt, một Phó Giám đốc Sở được Giám đốc Sở ủy quyền điều hành các hoạt động của Sở; 

+ Việc bổ nhiệm Giám đốc và các Phó Giám đốc Sở do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định theo tiêu chuẩn chuyên môn, nghiệp vụ do Bộ giao thông vận tải ban hành và theo quy định của pháp luật. Việc miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức và thực hiện các chế độ, chính sách đối với Giám đốc và Phó Giám đốc Sở do Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định theo quy định của pháp luật.

- Các phòng chuyên môn

+ Văn phòng Sở

+ Thanh tra Sở

+ Phòng Kế hoạch – Tài chính 

+ Phòng Kết cấu hạ tầng

+ Phòng Vận tải

+ Phòng Quản lý Xây dựng

- Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở

+ Trung tâm Sát hạch lái xe cơ giới đường bộ;

+ Cảng vụ đường thuỷ nội địa tỉnh Ninh Bình

+ Trạm kiểm tra tải trọng và đăng kiểm thủy;

+ Trung tâm Đăng kiểm xe cơ giới đường bộ 35-02D tỉnh Ninh Bình;

+ Xí nghiệp Bến xe khách Ninh Bình