Ninh Bình là một điểm nút giao thông quan trọng, tất cả các huyện, thành phố, thị xã đều có đường quốc lộ đi qua: Quốc lộ 1A xuyên Việt đi qua các huyện Gia Viễn, Hoa Lư, Yên Mô, Tp Ninh Bình và Tx Tam Điệp với tổng chiều dài gần 40 km; Quốc lộ 10 nối từ Quảng Ninh qua các tỉnh duyên hải Bắc bộ: Hải Phòng, Thái Bình, Nam Định tới thành phố Ninh Bình đi các huyện Yên Khánh, Kim Sơn; Quốc lộ 12B nối thị xã Tam Điệp, Nho Quan với đường Hồ Chí Minh, tỉnh Hoà Bình và Vĩnh Phúc; Quốc lộ 45 nối Nho Quan với Thanh Hóa. Mạng lưới giao thông tỉnh lộ khá thuận tiện với những tuyến xe buýt nội tỉnh. Hiện đang có 3 dự án đường cao tốc đi qua Ninh Bình được triển khai là: đường cao tốc Ninh Bình - Cầu Giẽ; Ninh Bình - Thanh Hóa và Ninh Bình - Hải Phòng - Quảng Ninh. Bến xe Ninh Bình nằm gần nút giao thông giữa QL1 và QL10 ở Tp Ninh Bình.

Về giao thông đường sắt Ninh Bình có trục đô thị Tam Điệp – Ninh Bình nằm trên tuyến đường sắt Bắc-Nam. Trên địa bàn tỉnh có các ga Ninh Bình, ga Cầu Yên, ga Ghềnh và ga Đồng Giao. Theo quy hoạch xây dựng mới, đường sắt cao tốc Bắc Nam đặt ga chính ở Ninh Bình.

Về giao thông đường thủy Ninh Bình có hệ thống sông hồ dày đặc: sông Đáy là sông lớn nhất chảy vào giữa ranh giới Ninh Bình với Hà Nam, Nam Định. Hệ thống sông Hoàng Long chảy nội tỉnh cung cấp tưới tiêu cho các huyện phía Bắc. Sông Càn với nhiều nhánh nhỏ ở các huyện phía Nam, phần hạ lưu chảy giữa ranh giới huyện Kim Sơn với tỉnh Thanh Hóa. Các sông nội tỉnh khác: sông Vạc, sông Vân, sông Bôi, sông Lạng, sông Bến Đang và các hồ lớn như hồ Đồng Thái, hồ Yên Quang, hồ Yên Thắng đem lại nguồn lợi đáng kể về tưới tiêu, giao thông và khai thác thuỷ sản. Cảng Ninh Phúc là cảng sông cấp I quốc gia. Ngoài ra có cảng Ninh Bình, cảng Cầu Yên, cảng Non Nước, cảng Bình Minh và cảng Phát Diệm.